Στο μέλλον, μετά τη βασιλεία του Καίσαρα, οι πίθηκοι είναι το κυρίαρχο είδος και ζουν αρμονικά μεταξύ τους ενώ οι άνθρωποι ζουν περιορισμένοι και κρυμμένοι. Καθώς ένας νέος τύραννος ηγέτης πίθηκος χτίζει την αυτοκρατορία του, ένας νεαρός πίθηκος ξεκινά ένα οδυνηρό ταξίδι που θα τον κάνει να αμφισβητήσει όλα όσα γνώριζε για το παρελθόν και να κάνει επιλογές που θα καθορίσουν το μέλλον τόσο για τους πιθήκους όσο και για τους ανθρώπους.
Στο νέο κεφάλαιο της επικής ιστορίας του «Λαβυρίνθου», ο Τόμας και οι σύντροφοί του αντιμετωπίζουν την μεγαλύτερη τους πρόκληση μέχρι τώρα: να ψάξουν για στοιχεία σχετικά με την μυστηριώδη και παντοδύναμη οργάνωση γνωστή ως Τμήμα Παγκόσμιας Καταστροφής (WCKD). Το ταξίδι τους τούς φέρνει στη Πύρινη Γη, ένα ερημικό τοπίο γεμάτο με αφάνταστα εμπόδια. Ενώνοντας τις δυνάμεις τους με αντιστασιακούς πολεμιστές, τα μέλη της ομάδας τα βάζουν με τις κατά πολύ ανώτερες δυνάμεις του WCKD και αποκαλύπτουν τα σοκαριστικά της σχέδια για αυτούς.